ISDOC a elektronická faktura: co to je, kdo ho chce a čím se liší od PDF

Posíláte faktury jako PDF e-mailem a nikdo si nestěžoval. Pak vyhrajete zakázku pro úřad nebo velkou stavební firmu a ve smlouvě stojí: „Fakturu zasílejte ve formátu ISDOC.“ Co to je a nestačí to vaše PDF?

V tomhle článku vysvětlíme, co ISDOC je, jaký je rozdíl mezi PDF, ISDOC a PDF s vloženým ISDOC, kdo ho opravdu vyžaduje a co se chystá s evropskou e-fakturací. Bez technických zkratek, kde to jde.

Elektronická faktura není jen ISDOC

Slovo „elektronická faktura“ se používá ve dvou významech, a proto vzniká zmatek.

1. Jakákoli faktura v elektronické podobě. Zákon o DPH považuje za elektronický daňový doklad i PDF poslané e-mailem. Podmínkou je, že je zajištěná věrohodnost původu, neporušenost obsahu a čitelnost dokladu. Co všechno na faktuře musí být, shrnuje článek Náležitosti faktury.
2. Strukturovaná e-faktura. Datový soubor (obvykle XML), ve kterém má každý údaj své přesné místo: číslo faktury, DIČ, částka, sazba DPH. Počítač ji přečte bez lidského přepisování. Sem patří ISDOC.

PDF je v podstatě „obrázek“ faktury pro člověka. Účetní ho musí přečíst a údaje zapsat do programu, případně je nechat vytěžit. Strukturovaná faktura jde do účetnictví rovnou. Jak dnes účetní předat faktury co nejpohodlněji, popisujeme v článku Export faktur pro účetní.

Co je ISDOC

ISDOC (Information System Document) je český standard pro výměnu faktur a dalších dokladů mezi účetními a fakturačními programy.

• Kdo ho spravuje: Formát vytvořila pracovní skupina ICT Unie. Od roku 2021 je držitelem licence a správcem formátu Ministerstvo vnitra ČR, které ho dál rozvíjí.
• Aktuální verze: 6.0.2 z 23. 3. 2022.
• Jak vypadá: Soubor s příponou .isdoc je XML s pevně danou strukturou. Varianta .isdocx je balíček, do kterého jde přibalit i přílohy, třeba PDF nebo soupis prací.
• Kdo ho umí: Podporuje ho většina českých účetních programů, například POHODA nebo Money S3.

Verze 6.0.2 přidala variantu ISDOC.PDF – běžné PDF ve formátu PDF/A-3, do kterého je ISDOC soubor vložený. Člověk vidí normální fakturu, program si přečte data.

PDF × ISDOC × ISDOC.PDF

Kdo ISDOC vyžaduje

Veřejná správa

Veřejní zadavatelé musí podle zákona o zadávání veřejných zakázek umět přijmout a zpracovat elektronickou fakturu, která odpovídá evropské normě pro e-fakturaci (EN 16931). V české veřejné správě je k tomu nejrozšířenější právě ISDOC.

Pozor na směr povinnosti: zákon ukládá úřadům, aby e-fakturu přijaly. Neukládá dodavateli, aby ji posílal. Jestli po vás konkrétní úřad ISDOC chce, poznáte ze smlouvy nebo objednávky. Mnoho obcí přijme i PDF do datové schránky – viz článek Faktura pro obec nebo úřad.

Firmy

Větší odběratelé, typicky generální dodavatelé staveb nebo obchodní řetězce, chtějí ISDOC proto, aby nemuseli faktury přepisovat. Požadavek najdete ve smlouvě nebo v obchodních podmínkách. Zákonná povinnost to není – ale když ji podepíšete, je smluvní.

Vy jako živnostník

K 11. 11. 2026 v Česku neplatí obecná povinnost vystavovat faktury mezi podnikateli ve strukturovaném formátu. PDF poslané e-mailem je v pořádku, pokud ho odběratel přijme.

Na co se zeptat, když odběratel chce e-fakturu

Požadavek „posílejte elektronické faktury“ může znamenat cokoli od PDF e-mailem po ISDOC přes speciální portál. Než podepíšete smlouvu, vyjasněte si:

• Stačí PDF, nebo musí být faktura ve formátu ISDOC (případně ISDOC.PDF)?
• Kam fakturu posílat – e-mail, datová schránka, nebo portál odběratele?
• Jaké údaje navíc chce – číslo objednávky, číslo smlouvy, název stavby?
• Jak se posílají přílohy, třeba soupis provedených prací nebo předávací protokol?
• Kdo potvrdí, že faktura došla, a od kdy se počítá splatnost?

Odpovědi si nechte potvrdit e-mailem nebo je dejte do smlouvy. Když pak faktura „nedojde“, máte v ruce, co jste si domluvili.

Co se chystá: evropská e-fakturace (ViDA)

EU v březnu 2025 přijala balíček ViDA (VAT in the Digital Age, „DPH v digitálním věku“) – směrnici Rady (EU) 2025/516. Pro fakturaci z něj plynou hlavně tyto body:

• Od 1. července 2030 má být elektronická strukturovaná faktura podle evropské normy povinná u přeshraničních obchodů mezi podnikateli uvnitř EU. Data z faktur se budou téměř v reálném čase hlásit správci daně.
• Pro tuzemské faktury si pravidla určují jednotlivé státy. Od roku 2025 mohou zavést povinnou tuzemskou e-fakturaci bez zvláštního povolení EU.
• PDF nebude po roce 2030 u přeshraničních B2B faktur stačit – evropská definice e-faktury vyžaduje strukturovaná data.

Česko zatím o povinné tuzemské e-fakturaci nerozhodlo. Ministerstvo financí ji podle dostupných informací zvažuje, ale konkrétní zákon ani termín k 11. 11. 2026 nejsou. Některé sousední státy jsou dál – Slovensko chystá povinnou e-fakturaci pro své plátce od roku 2027.

Jak e-fakturu archivovat

Ať posíláte PDF, nebo ISDOC, platí stejná pravidla uchovávání:

• Daňové doklady k DPH uchovávejte 10 let (§ 35 zákona o DPH).
• Nejjednodušší je archivovat originál v té podobě, v jaké jste ho vystavili nebo přijali – pokud přišla faktura v ISDOC, uchovávejte ISDOC. Převod do jiné podoby je možný jen za zákonných podmínek, proto ho konzultujte s účetní.
• Doklad musí zůstat čitelný a nezměněný po celou dobu.

Víc o lhůtách v článku Jak dlouho uchovávat účtenky a doklady.

Nejčastější omyly

Shrnutí

• ISDOC je český formát strukturované e-faktury, který spravuje Ministerstvo vnitra; aktuální verze je 6.0.2.
• PDF poslané e-mailem je také platná elektronická faktura, jen ji musí někdo přepsat nebo vytěžit.
• ISDOC.PDF spojuje obojí: čitelné PDF s vloženými daty.
• Povinnost posílat ISDOC dnes plyne jen ze smlouvy s odběratelem, ne ze zákona.
• ViDA: od 1. 7. 2030 povinná e-fakturace u přeshraničních B2B obchodů v EU; tuzemská povinnost v Česku zatím není rozhodnutá.

Článek má informativní charakter a nenahrazuje daňové ani účetní poradenství. Aktualizováno: 11. listopadu 2026.

• #ISDOC
• #elektronická faktura
• #e-faktura
• #ViDA
• #veřejná správa